행정안전부는 통합하는 자치단체가 시․군 통합의 모범사례가 될 수 있도록 통합시가 '명품 성장거점 도시'로 도약하는데 정부의 지원을 아끼지 않을 방침이라고 지난 29일 밝혔다. 

예를 들어 청주․청원 지역의 숙원사업인 농산물산지 유통센터․도서관 건립, 전주․완주 지역의 종합스포츠타운 등 오래된 지역 숙원사업에 대해 관계부처의 적극적인 협의 중에 있다고 밝혔다. 

또한 공무원의 한시정원을 10년 동안 허용하는 것 이외에 행정구를 추가로 설치해 행정기관 통합에 따른 주민서비스를 차질 없이 제공하고 공무원의 정상적인 채용 및 승진기호를 정부차원에서 보장하겠다는 것이다. 

이밖에 지난 8월 26일 발표한 '자치단체 자율통합 지원계획'에 포함된 주민과의 지원약속을 충실히 지켜나갈 계획이라며 이를 위해 통합인센티브 중 법적 조치가 필요한 사안은 정부가 제출한 󰡐통합시설치법󰡑에 반영할 것이라고 밝혔다. 

한편 자치단체 자율통합과 관련 일부 지역의 불법․부당 행위에 대해서는 엄중 대처할 방침이라고 거듭 강조했다. 통합 찬․반을 막론하고 관권개입 정도가 지나칠 경우에는 위법여부를 검토한 후 유관기관과의 협조를 통해 엄정 대처하겠다는 것이다. 

주민의견조사와 관련해서는 결과가 반대의견이 높을 경우 통합절차는 중단되며, 주민의견조사 실시 후 법정절차인 지방의회 의결이나 주민투표를 통해 통합여부를 결정한다는 것이 행안부의 입장이다.