최근 관심을 끌고 있는 로컬푸드 소비 확대를 위해서는 음식점에서 지역 농수산물을 농민으로부터 직접 구입한 비용에 대해서도 의제매입세액공제 대상으로 인정받지 못해 보는 손실을 보전해야 한다는 지적이다.
의제매입세액공제는 농·축·수·임산물을 면세로 구입해 국내에서 부가가치세가 과세되는 재화를 제조·가공하거나 용역을 창출하는 사업자에 대해 일정금액을 매입세액으로 공제하는 특례제도를 말한다. 
음식점을 경영하는 사업자가 면세대상 농·축·수·임산물 등을 계산서(신용카드 매출전표, 현금영수증 포함)를 발행 받고 이를 식재료로 사용해 음식을 판매한 경우에는 106분의 6에 해당하는 공제율을 적용한 의제매입세액공제를 받을 수 있다.

의제매입세액공제는 한도가 정해져 있는데 음식점 개인사업자의 경우 과세표준이 1억원 이하인 경우 공제한도가 과세표준×60%이며, 1억원 초과 2억원 이하는 55%, 2억원 초과는 40%다.
문제는 음식점에서 로컬푸드를 사용하기 위해 식재료를 농어민으로부터 직접 구매한 경우에는 의제매입세액공제를 받을 수 없다. 농어민으로부터 직접 식재료를 구입할 경우 계산서, 신용카드매출전표 등 증빙서류가 없기 때문에 의제매입세액공제 대상이 되지 않는 것이다. 반면 제조업 사업자의 경우 농어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우 ‘의제매입세액공제신고서’만 제출하면 공제받을 수 있다.

예를 들어 한 음식점의 한해 과세기간 매출액이 2억 원일 경우 면세매입대상액(과세표준 2억55%)은 1억1000만원이며, 의제매입세액공제액(면세매입대상액×106분의 6)은 최대 622만여 원이다. 만약 이 음식점이 모든 식재료를 농어민으로부터 직접 구입했다면 연간 622만 여원의 의제매입세액공제액을 한 푼도 돌려받지 못한다.

지역에서 로컬푸드를 사용해 음식점을 운영하는 한 업주는 “지역 농산물을 쓰자는 취지는 좋지만 원하는 만큼의 양이나 종류를 구하기 어렵고 세금 환급에 있어서도 불리하다보니 어려움이 많다”고 토로했다. 이어 “충남의 경우 미더유란 브랜드로 로컬푸드식당 인증제를 도입하고 있는데 조세적인 부분에도 도움을 줄 수 있는 방안이 따랐으면 한다”고 말했다.

이와 관련해 농협 등 로컬푸드 공급단체의 협조 및 음식점에서 로컬푸드 사용으로 인한 세액공제 불이익 등에 대한 지자체 차원의 보조 등의 필요성이 제기되고 있다.
홍성군친환경농정발전기획단 정만철 전문위원은 “세법을 바꾸는 것은 힘들고 현실적으로 농협이나 지역의 로컬푸드 유통업체를 통한 방법이 있을 것”이라고 말했다. 이어 “다소 문제는 예상되지만 충남도의 미더유 인증점에 한해서라도 도에서 세액공제 불이익에 대한 보조 등을 하는 방안이 있을 것”이라고 말했다.