행정복합도시 수정론이 원안 추진의 발목을 잡고 있는 가운데, 2009년 6월 현재 행복도시 건설 총 사업비 22조5000억 원 중 4분의 1인 5조5000억 원이 이미 집행됐고, 추가로 올해 말까지 집행이 예정된 사업비는 2조원에 달할 전망이다. 이 시점에서 그 떡잎은 원래 노랗기 때문에 다른 떡잎으로 키워야 하는 것이 아니라, 될성부른 행복도시는 떡잎부터 달랐다는 근본적 건설목적에 대한 정확한 이해와 접근이 필요하다는 주장이 제기됐다. 

지난 18일 충남발전연구원 김용웅 원장은 '충남리포트 제26호'를 통해 "행정중심복합도시 건설은 반드시 지속 추진돼야 한다"는 보고서를 발표하면서 "행복도시 수정 대안은 수도권 집중 완화와 국토균형발전이라는 국가정책목적에 부합해야 하고, 지속적 건설을 보장할 수 있는 법적, 제도적 장치를 갖추어야 한다"면서 "현재 정부가 추진하고 있는 일방적 졸속 추진으로는 그 성공을 장담할 수 없으며, 원안 추진 여부에 대한 충분한 연구․분석 및 국민의견 수렴을 거쳐 추진해야 한다"고 주장했다. 

김 원장은 "수도권 집중과 과밀로 연간 교통혼잡비용이 지난 1991년 2조 9000억 원에서 2002년 12조 4000억 원으로 증가했고, 주택과 토지가격의 상승과 환경오염의 심화로 고비용, 저효율의 경제구조에서 벗어나지 못하는 등 국가발전 잠재력을 약화시키고 있다"고 언급하면서 "세계화와 지방화 시대에는 수도권의 경쟁력을 배가하고 지방의 자생적 발전을 도모하는 새로운 국가발전전략이 필요하다"고 행복도시 건설의 당위성을 설명했다. 그러면서 "행복도시 건설은 단순한 신도시건설의 차원이 아니라 국가균형발전, 지방분권, 혁신도시 건설 등과 연계되어 유기적으로 연계 추진되는 패키지 정책으로써, 수도권의 과도한 집중을 완화하고 지방의 자립적 발전을 이룩하기 위한 최후의 수단"이라고 강조했다. 

한편 김 원장은 행복도시 건설 반대 주장의 오해와 진실에 대한 논리로 △행복도시 건설은 수도분할 및 수도 이전이라는 주장에 대해 "헌법재판소의 결정에 따르면 행정 중추인 대통령의 소재지를 서울로 하는 한 다른 국가행정기관의 소재지는 수도 결정의 요소가 될 수 없기 때문에, 경제부문 9개 부처와 총리실의 이전은 수도성과 무관하며, 이미 중앙정부부처가 서울과 과천, 그리고 대전으로 분산되어 있을뿐더러, 지난 신행정수도건설특별법 위헌판결도 성립할 수 없게 된다"고 반박했다. 

다음으로 △수도권 비대와 지역불균형 때문에 수도를 옮긴 선진국은 없다는 주장은 "이미 2003년 기준 서울의 인구집중도는 21.4%로 파리 3.5%, 동경 6.6%, 런던 12.1%, 뉴욕 2.7%보다 월등히 높은 수준으로써 수도권 비대를 이유로 천도한 선진국도 없다지만, 우리나라 수도권처럼 과밀화 되어 있는 수도도 없다. 그렇기에 국토의 균형발전은 포기할 수 없는 국가의 중요정책이며, 영국 및 프랑스 등 선진국도 지난 60년대부터 현재까지 지속적으로 추진하고 있는 중점과제"라고 밝혔다. 

또 △중앙정부기관 분산 배치 사례가 없다는 주장에 대해 "독일, 남아프리카공화국, 말레이시아 등이 행정부처를 분산배치하고 있거나 행정․입법․사법기능을 공간적으로 분리하여 운영하고 있다. 이 같은 해외사례처럼 정부 및 공공기관의 분산배치는 국토균형발전정책 차원에서 폭넓게 추진되어 왔고, 지속될 전망󰡓이라고 설명했다. 

이어 △행정의 비효율성과 국정관리시스템의 문제를 야기해 나라의 경쟁력을 손상시킨다는 주장에 대해 "디지털시대 정보공유네트워크가 형성되면 행정중심복합도시 내 행정부처와 입법부와의 의사소통도 효율적으로 이루어 질 수 있으며, 서울과 행복도시 간 물리적 이격거리의 문제점도 새로운 교통수단의 도입으로 상당 수준 극복이 가능하다. 또한, 지방분권 시대에 중앙과 지방간의 의사소통 시간과 비용을 절감하여 국정의 효율성을 높이는 역할을 한다"고 설명했다. 또 △수도를 약화시켜 지방을 발전시킬 수 없다는 주장에 대해서도 "행복도시 건설은 오히려 서울과 수도권의 경쟁력을 국제수준으로 높이는 데 기여하는 한편, 행복도시 건설은 지방발전의 근원적인 계기가 된다"고 반박했다. 

김 원장은 "행복도시 건설이 중단되면 지역 및 국가 전체에 막대한 직․간접 피해와 갈등을 초래할 우려가 있고, 투명하지 못한 방식으로 무책임한 논리를 전개하는 등 국민적 협의와 참여를 통한 합리적 판단을 어렵게 하고 있다"면서 "행복도시 건설 중단은 장기적으로는 신뢰성 위기의 초래, 민주주의 원칙의 훼손, 국가미래가치를 포기하여 국가발전기반을 약화시키는 결과를 초래할 수 있다"고 우려를 나타냈다.